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微生物生態(tài)生物信息技術(shù)研討會


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微生物生態(tài)生物信息技術(shù)研討會

 

  由于微生物個體小、數(shù)量大、世代周期短,并且在環(huán)境中絕大多數(shù)尚不可培養(yǎng),微生物多樣性研究受到了巨大限制,從而制約了微生物生態(tài)學(xué)的發(fā)展。

  

  近年來,隨著高通量測序等現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)的突破,人們可以從基因水平測定不可培養(yǎng)微生物的群落組成和功能多樣性,使得自 21 世紀以來微生物生態(tài)學(xué)成為目前微生物學(xué)、地理學(xué)以及生態(tài)學(xué)領(lǐng)域*為重要的交叉學(xué)科之一。


  當(dāng)前,高通量測序手段日新月異,主流測序已由 454 轉(zhuǎn)變?yōu)?IlluminaHiSeq 和 MiSeq。然而,龐大數(shù)據(jù)量的產(chǎn)生為微生物生態(tài)學(xué)發(fā)展帶來新機遇的同時,也帶來了挑戰(zhàn)。海量數(shù)據(jù)、紛繁復(fù)雜的土壤氣候環(huán)境變量,使我們在選擇合適的數(shù)理統(tǒng)計工具時更加困惑。


  基于此,中國土壤學(xué)會已于 2013 年 2 月 25-28 日成功舉辦了“**屆微生物生態(tài)研討會暨生物信息分析培訓(xùn)班”。這次會議使大家對高通量數(shù)據(jù)分析手段有了更深入的認識,也使大家得到了廣泛的交流。然而,目前紛繁復(fù)雜的統(tǒng)計分析工具以及方法選擇還是我們在微生物生態(tài)研究的重要阻礙。


  因此,中國土壤學(xué)會將于 2015 年 2 月 2 日-4 日舉辦“**屆微生物生態(tài)生物信息技術(shù)研討會”。會議邀請國內(nèi)知名微生物生態(tài)學(xué)家,及美國阿貢國家實驗室 Jack Anthony Gilbert 教授和密歇根州立大學(xué) Ashley Lauren Shade 教授及其團隊作微生物生態(tài)領(lǐng)域?qū)n}報告,隨后Gilbert 和 Shade 教授及其團隊成員對高通量測序(Illumina HiSeq 和 MiSeq)后續(xù)的生物信息分析進行系統(tǒng)講解。



  會議主題:


  1、Illumina Hiseq 的生物信息分析:環(huán)境中微生物全基因組的數(shù)據(jù)分析; MG-RAST 以及云計算在高通量數(shù)據(jù)分析中的運用;


  2、微生物群落預(yù)測模型、代謝模型:Artificial Neural Network (ANN),Microbial AssemblagePrediction(MAP),Predicted Relative Metabolomic Turnover (PRMT),種分布預(yù)測模型Species distribution modeling 等在微生物生態(tài)上的運用;


  3、Illumina Miseq 測序的生物信息分析:包括如何使用 QIIME 進行數(shù)據(jù)處理以及在分析中應(yīng)注意的問題,如何使用 R 和其他分析軟件進行分析統(tǒng)計及制圖-PCA、RDA、DCA、CCA、NMDS、CLUSTER、MNTD 等.


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